根据环评及减少对宝山新城地区的影响，全长约55.5公里的沪通铁路上海段（市界至浦东曹路）的走向将进行调整。调整后，沪通铁路将与规划中的沿江通道，在同一线路上各自采用隧道方式穿越黄浦江。

　　高架+隧道穿越市区沪通铁路北接宁启铁路，南接上海浦东铁路。沪通铁路进入上海后呈Y形走向，一条连接沪宁线，另一条从宝山、浦东，连接到现在的浦东铁路。线路建成后，列车运营分为南通-太仓-安亭方向、南通-太仓-浦东两个方向，两方向都将有动车组列车。其中在浦东将与现在从上海南站至芦潮港的浦东铁路衔接。

　　此次调整的线路主要涉及规划的沪崇高速（S7）的平行段和越江段。其中上海市界至江杨北路从原先沪崇高速的东侧调整到西侧、上海绕城高速（G1501）即郊环的北侧调整到南侧，该段以高架为主。从江杨北路至外高桥(600648,股吧)由沿江杨北路-长江西路-外高桥调整为沿绕城高速-富锦路-长江大堤-外高桥，与规划的沿江通道（郊环）走向一致。该段以隧道方式为主。

　　此前，通向浦东的这条线路也调整了线路走向，包括宝山杨行站至市界段和外高桥保税区段，与大型市政交通走廊相结合，并绕开多个住宅区，尽可能减少对沿线居民的影响。

　　沪通铁路有利于加强上海、苏南地区与苏中、苏北地区的社会经济交流，同时为推进上海航运中心建设提高海铁联运效率，此次还预留了外高桥集装箱中心站及港区作业线、曹路港区作业线。

　　与郊环各用过江隧道

　　目前上海绕城高速在北面穿越黄浦江一直由外环线隧道承担，由于郊环线和外环线共用一条越江隧道，致使外环隧道时常拥堵。为解决这一问题，此前已规划的郊环线的沿江通道工程，西起郊环高速公路江杨北路，越江后接外环线浦东段。

　　考虑到沪通铁路越江需要，沿江通道的具体实施方案一直未定。而此次规土局公示的线路调整方案明确，沪通铁路与郊环线沿江通道为2条隧道，由于要避让沪通铁路越江隧道，沿江通道越江段原线路及浦西工作井和接线道路将进行相应的调整。