合福高铁开通之时，除了新增的高铁线路，厦门还有其它线路旅客列车将进行调整。

　　厦门北～福州D6204次改厦门始发；厦门北～南昌西D6528次改厦门始发。同时，新增福州南～厦门北D6239/40次1对。

　　有部分变更运行区段，原徐州～厦门K177/8次运行区段改为徐州～广州东；原龙岩～北京西K572/1次延长至厦门始发终到，运行区段改为厦门～北京西；合肥南～深圳北D3128/5、D3126/7次运行区段缩短至南京始发终到，运行区段改为南京～深圳北，车次改为D3125/6次，经停厦门北。

　　还有部分停运的列车，包括厦门北～北京南G166/5次、厦门北～南京南D3118/7次、龙岩～厦门K8711/2次。